江戸初期
近世城郭への脱皮
1598年、上杉氏が会津へ移封されると、本庄氏もそれに従って村上を去る。代わって村上城主となったのは、越後一国を秀吉から任された堀秀治の与力、村上頼勝（むらかみ・よりかつ）であった。このときの石高は９万石である。
西国の進んだ城郭築造技術に通じていた村上氏は、城の改築に着手する。この時行われた工事がどの程度のものなのかは判然としないが、石垣の大々的な導入がこの時期にスタートしたことは間違いないようだ。『村上城主歴代譜』という古文書には、「坂上の門（のちの下渡門）以西を南郭となす也」「此代城内八ツ櫓建つ」「三ノ丸大手裏両新町大手筋堀出来」といった記述が見られる。平地部分に城域を拡大して「総構え」を構築する工事も、この時期に始まったと見てよいだろう。
しかし、築城工事半ばの元和元年（1615年）に頼勝は死去、息子の忠勝が跡を継ぐものの、家臣間の不和を幕府に咎められ、村上家は改易の上、丹波篠山に配流されてしまう。以降、村上城の工事は歴代城主に引き継がれていく。
■元和～寛永の城絵図（部分）
現在の御鐘門、出櫓周辺部などに差異があるものの、縄張りの基本構造はほぼ現状に準ずる。[国立公文書館所蔵]
